台式扫描电镜体积小、重量轻、寿命长、功率损耗小、机械性能好，因而适用的范围广。然而半导体器件的性能和稳定性在很大程度上受它表面的微观状态的影响。一般在半导体器件试制和生产过程巾包括了切割、研磨、抛光以及各种化学试剂处理等一系列工作，会造成表面的结构发生惊人的变化，所以几乎每一个步骤都需要对扩散进行检测，深度进行测茧或者直接看到扩散区的实际分布情况，而生产大型集成电路就更是如此。目前，台式扫电镜在半导体中的应用已经深入到许多方面。
台式扫描电镜利用柬感应电流（EBIC）像和吸收电流像（AEI）分别观察NTD硅单晶和区熔硅单晶高压整流元件PN结的平整度、结深、耗尽区内的缺陆特征及其分布和少子扩散长度的变化，直观地显示NTD硅单晶材料的径向和轴向电阻率均匀，制得的PN结比较平坦，以及热中子辐射损伤在晶体中造成大量缺陷，这些缺陷使少子扩散长度和平均寿命缩短。因此，可控制中子辐射损伤和选用合适的退火工艺消除内部缺陷，提高NTD硅单晶质量。
半导体材料中的动力学现象如扩散和相变具有很重要的意义用台式扫描电镜跟踪铝薄膜条在大电流密度下的电迁移行为，便可以得到有关空洞移动和熔化解润失效的细节。此外，利用X射线显微分析技术也可以对半导体材料进行各种成分分析。
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