电子源发射的电子束经过电磁透镜的电子光学通路聚焦,电子源的直径被缩小到纳米尺度的电子束斑,与显示器扫描同步的电子光学镜筒中的扫描线圈控制电子束,在样品表面一定微小区域内,逐点逐行扫描。电子束与样品相互作用,从样品中发射的具有成像反差的信号,台式扫描电子显微镜由一个适当的图像探测器逐点收集,并将信号经过前置放大器和视频放大器,用调制解调电路调制显示器上相对应显示像素的亮度,形成我们人类观察习惯的,反映样品二维形貌的图像或者其他可以理解的反差机制图像。
由于图像显示器的像素尺寸远远大于电子束斑尺寸,(0.1mm/1nm=100,000倍)而且显示器的像素尺寸小于等于人类肉眼通常的分辨率,这样显示器上的图像相当于把样品上相应的微小区域进行了放大。通过调节扫描线圈偏转磁场,可以控制电子束在样品表面扫描区域的大小,理论上扫描区域可以无限小,但可以显示的图像有效放大倍数的限度是扫描电镜分辨率的限度。
台式扫描电子显微镜是控制信号不经过计算机软件,直接由操作台按键旋钮等对执行机构进行控制,属于人工手动控制,控制精度由操作者观察仪表盘的变化决定,例如高压电源,扫描线圈,探测器电源,电子枪控制,磁透镜控制,样品台的运动控制等等。数字控制是所有控制指令输入到交互控制软件,然后由计算机对执行机构发出准确的数字指令,绝大部扫描电镜参数可实现了软件自动调整,如自动聚焦,亮度对比度,自动消象散,自动电子枪发射饱和,自动电子枪对中,自动物镜光阑合轴等。